Kui 1927. aastal sai haridusministriks Kristliku Rahvaerakonna liige Jaan Lattik, saabus ministeeriumist teade Võru seminari sulgemise kohta, ettekäändeks toodi õpetajate ületootmine. Võru-, Valga- ja Petserimaa koolivalitsused asusid seminari kaitsma, ajakirjanduses puhkes diskussioon seminaride kaitseks, nende jätkamist pooldas ka haridusministri abi F. V. Mikkelsaar. Sedapuhku asi soikus. 1930. aasta kevadel, 5. märtsil suri Taagepera sanatooriumis seminaride kaitsja F. V. Mikkelsaar.
Haridusminister J. Hünersoni ettepanekul otsustas valitsus järk-järgult sulgeda kõik seminarid, Võru seminari aga kohe (alates 1. augustist 1930). Seekord jäi otsus jõusse. Õpetajad vabastati, enamik õpilasi siirdus teistesse seminaridesse, mis jäid töötama kuni 1932. aastani. VÕSist sai õpetajakutse 160 lõpetanut. Seega lõppes iseseisva Eesti hariduselu korralduses ajajärk, mida tuleb küllaltki tähtsaks pidada oma otsiva, loova ja uuendusliku vaimu poolest. Võru seminari sulgemise peapõhjust ei saa siiski näha ministri soovis tülikast õppeasutusest vabaneda. Muidugi rääkis kaasa J. Käisi konflikt nn konservatiividega, kuid tõsiasi on seegi et Vabadussõja järelmõjuna vähenes algkooliõpilaste arv 130 000lt 90 000le. Ja õpetajaid oli juba liiga palju. Lisaks rääkis kaasa A. Kuksi n.ö pedagoogiumi-projekt. Põhjusi oli teisigi. Lõpuks pandi kinni ka Läänemaa seminar mille juhataja A. Fluss (Teaste) polnud ei tulihingeline reformpedagoogika pooldaja ega punane ammugi mitte.
Arstide soovitusel ravis J. Käis end 1930. aasta lõpul Põhja-Itaalias San Remo kuurordis (ületöötamine ja krooniline keskkõrvapõletik). Seejärel määrati ta 1. veebruarist 1931 Paldiski Ühisgümnaasiumi direktoriks.
Kuigi Võru seminari tegutsemisaeg kujunes lühikeseks, jättis see väärtusliku pedagoogilise pärandi Eesti koolile. Eesti Õpetajate Liidu juhatus andis Võru seminari tegevusele järgmise hinnangu:
“Võru õpetajateseminar oli koldeks, kus küpsesid kooliuuenduslikud ideed, kus valmisid nende ideede edasikandjad, kust voolas uut ja jõulist verd Eesti õpetajaskonna elusoontesse. Selle kolde kuma helkis kaugemale kodumaapiiridest, see helgib tulevikkugi, vaatamata sellele, et tuleasegi on kantud laiali. Loodame, et see helk soojendab kord nendegi südant, kes kord Eesti kooli ajalugu uurides konstateerivad suurt ja tõsist rahvuslikku tööd, mis tehti selles suunas.” (Õpetajate Leht. 1936, nr 2).
Johannes Käis 