25. oktoobril 1931 valis EÕLi pedagoogiline toimkond J. Käisi EÕLi teaduslikuks sekretäriks. Tema ülesandeks oli kooliuuenduslike küsimuste selgitamine ja tutvustamine, nõuandmine õpetajaile pedagoogilises töös, pedagoogilise ja metoodilise kirjanduse tutvustamine ajakirjas “Kasvatus”, pedagoogiliste nädalate ja edasiharimiskursuste ettevalmistamine ja juhatamine. Olgu lisatud, et tasu, mis J. Käis sellel töökohal sai, oli enam kui tagasihoidlik (50 krooni kuus). (Koolile pühendatud elu, lk 138).
Kesk- ja kutsekoolide õpetajate edasiharimist korraldas Haridusministeerium, algkooliõpetajate oma peamiselt Eesti Õpetajate Liit. Alates 1931. aastast juhtis seda lõiku J. Käis. Sellega on seletatav algkooliõpetajate täienduskursuste uuenduspedagoogiline suunitlus. Õpetajate huvi kooliuuendusnädalate vastu oli suur. 1930. aastal korraldatud kooliuuendusnädal kestis tegelikult kaks nädalat ja osavõtjaid oli Eesti kohta ennekuulmatu arv — üle 2000. Rikkalik koolinäitus oli suunatud uute tööviiside evitamisele. Õpetajaile esinesid meie juhtivate kooliuuenduslaste (J. Käis, J. Parijõgi, G. Reial jt) kõrval ka nimekad välismaa reformpedagoogid (A. J. Lynch Londonist, R. Smola Viinist, A. Salokannel Soomest, L. Taivans ja J. Rabinovitsh Riiast jt).
EÕLi täienduskursuste ja pedagoogiliste nädalate kavad koostas J. Käis, korralduskuludeks ja lektorite tasustamiseks andis toetust Haridusministeerium (v.a aastad 1934-36, mil haridusministriks oli N. Kann).
J. Käis oli oodatud lektor kursustel, õpetajate päevadel ja nädalatel ning kohalikes õpetajate organisatsioonides. Tema loengute temaatika oli erakordselt lai, sageli lisandusid neile näidistunnid, õppekäigud, näitused, praktikumid. Kaasaegsete hinnangul oli J. Käis 1930. aastatel populaarseim õpetajate õpetaja. Tema enda andmetel on ta ajavahemikus 1914 – 45 pidanud loenguid, referaate ja ettekandeid õpetajate kongressidel ja koosolekutel 141, juhatanud kursusi ja neil lektorina esinenud 78, näidistunde andnud 32, muid loenguid ja ettekandeid pidanud 59 korral. Lektorina oli ta ületamatu, väga harva kasutas kirjutatud teksti, kuigi see oli tal alati olemas.
Johannes Käis 