Pärast Võru seminari sulgemist pakuti J. Käisile juhataja kohta Paldiski ühisgümnaasiumis, ta määrati kohale veebruarist 1931. Kuna õpilasteks olid peamiselt maalapsed, kavatses J. Käis reorganiseerida kooli reformgümnaasiumiks, mille õppekavva võtta rohkem praktilisi õppeaineid (nt kasvatusteadus, majapidamisõpetus tütarlastele ja ehitustehnika poistele, aiandus, taime- ja loomakasvatus). Neid kavatsusi ellu viia ei õnnestunud. Süvenev majanduskriis tõi kaasa koolide koondamise, koondatavate nimekirja sattus ka Paldiski ühisgümnaasium ja 1931. aasta suvel õpetajad vabastati. J. Käis otsustas Haridusministeeriumi teenistusest lahkuda ning siirdus alates 6. septembrist 1931 46-aastasena pensionile. Selle poolenisti pealesunnitud sammu üheks põhjuseks oli kuulmise nõrgenemine. Pensioniks määrati talle veidi üle 100 krooni kuus. Alaliseks elukohaks valis J. Käis Tartu, kus Tähe tänaval majas nr 77 (praegu 33) üüris aiapoolset tuba. Suveti tavatses ta mõnda aega veeta venna talus Põlva lähedal Tromsil.
Haridusministeeriumi teenistusest vabanemisega algas kõige viljakam periood koolimehe elus Eesti Õpetajate Liidu teadusliku sekretärina (osalise koormusega), Eesti Entsüklopeedia toimetuse sekretärina ja kooliuuendustöö väsimatu organisaatorina. Peale selle kuulus ta Eesti Akadeemilisse Pedagoogika Seltsi (1932-40) ja Fr. R. Kreutzwaldi Mälestuse Jäädvustamise Seltsi (1923-40). J. Käis jätkas Võru seminaris alustatut, töötas välja tervikliku uuenduspedagoogilise süsteemi Eesti kooli jaoks, lõi kooliuuenduskoolkonna, mis arvestas meie maa olusid ja äratas suurt tähelepanu ka väljaspool Eesti piire, jätkas tööd eesti loodusõpetuse metoodika kujundamisel.
Johannes Käis 